|
好了，磨磨唧唧，磨磨唧唧的终于说到基因报告了。原来的一切吹牛都是为了这一篇和你相见。
有报告的，大家看一下自己的基因报告，无论它是一页几页还是十几页，大体上都是分这么几个部分。
第一部分：基本信息 如患者姓名 性别 年龄 疾病名称送检医院、送样时间，标本类型 检验时间、检验内容、检验方法、疾病表型表现等等。对于这部分，信息因为是自己或家属的报告，一般不用看。如果非得关注的话，可以关注一下检查方法及检查内容，但是一般人看了也不明白。
第二部分：一般性的检验结果。基本上就是检出或没检出有没有和疾病相关的基因以及疑似的基因突变。，往往都是简单的一句话。算是一个总结性的实验结果。这个是需要我们关注的，起码要知道有没有基因出问题或在疑似出问题。
第三部分：和我们所需要的检查疾病相关的，有致病性基因的列表。这一部分是我们重点关注的。（好多基因报告没有这一部分，是因为没有检查出明确致病的基因。我在下面的那个例子就是这种情况。
第四部分，和我们所需要检查疾病无关或不明确致病的基因列表。这一部分，在相关疾病表型里列出噬血的需要关注。
第五部分：一般是表格中出现的一些名词解释。如HOM、AR、B、人群携带率等
第六部分：可能会列出有关的文献报告
第七部分：一般是基因检测使用的方法，以及该方法的缺陷性。大部分基因报告会写到，因为基因复杂性，测序方法的局限性等原因，现在的解释之符合现在对基因的认知。大概就是这么个意思。我个人认为这就是免责声明。
第八部分：有的报告会罗列一些和各种病相关的基因。（康盛环球的报告一般会有）
第九部分：如果对基因有疑问，该如何做。还有基因报告时间报告人 以及相关负责人的签名。如迈基诺的刘志肖同志的签名。
大概就是这几部分，有的机构可能会省略掉其中的某几个部分。下面结合一个男孩迈基诺检查报告，给大家逐条说一下。涉及到一些名词啥的，有在前边文章中说的，就不啰嗦了。
先看一个图：
如上图
第一部分是 基本信息。我们看到，病史摘要是噬血，分析项目是全外显子检查。但是重点关注基因没有列出，这个需要改进。大部分检查机构一般会把和疾病相关的基因罗列出来。有的是在报告一开始，有的是在报告的最后。
第二部分：一句话总结分析结果：通过对疾病相关基因的测序分析，未发现与疾病表型相关的明确致病性变异。
这是一个相对来说，比较好的结论。
第三部分：本图片中没有。因为结论中说未发现明确的致病变异。所以没有可以罗列出的基因。
第四部分：其他可能变异。（绿框中写了个序号1，说明还有序号2）我们来看迈基诺的表格组成部分及相关内容。图片中的红色序号。
1、基因名称 MSN （是个基因名，不解释。这个不是我们聊天用的MSN软件，你们用过吗？）
2、 染色体位置：chr-X 64958824 这个是该变异点在染色体上的位置。Chr 染色体的简写。-X，表明是X染色体。如果是chr-17，表明是第17条染色体。64958824，是这个染色体上的第64958824个碱基。
3、转录本外显子:NM_002444 Exon12 : (美国国立生物技术信息中心（NCBI）收录的参考序列编码具有权威性及唯一性。其中前缀“NM_”表示为mRNA序列，“NP_”表示多肽序列，“NG_”表示基因组序列。) NM-02444表示是用第002444编号的mRNA样本来对照的。Exon12表示的突变发生在第12个外显子上。
注意 因为该报告第一部分注明了是外显子检查，所以包括本表在内的本报告中的表格所检查点位都是外显子。
下图是个内含子检查的例子。内含子英文简写是Intron。
4、核苷酸氨基酸 C.1345-8C>T (Splicing): 这个表示核苷酸和氨基酸如何突变的。（可以参考本系列文章第4篇，密码子那一篇）具体是第2条中的那个位置（chr-64958824）的碱基由C变为了T。表示为C>T。
C.1345-8 描述的也是碱基位置，这种描述是指剪切点描述。剪切点位描述情况比较复杂，如果展开说明，估计需要一整篇的文章。先挖个坑在这里吧。这里面的“C.”是指表示Coding DNA（编码DNA）序列。
（splicing）这里的意思是剪切点的意思。因为是剪切点发生变化，所以没法对应找到氨基酸的变化。
这个第4条的意思就是在编码DNA序列的1345这个点位，发生碱基C到T变化。导致剪接点的变化。
关于各“字母.”的含义如下，先有个印象，以后解释，又挖了一个坑哈。
“g.”表示基因组序列，如g.476A>T。
“c.”表示Coding DNA（编码DNA）序列，如c.76A>T。
“m.”表示线粒体DNA序列，如m.8993T>C。
“r.”表示RNA序列，如r.76a>u。
“n.”表示非编码RNA序列。
“p.”表示蛋白质序列，如p.Lys76Asn。
我们能看到的可能就是“g.”、“c.”、“p.”。
5、纯合/杂合 hemi 这里表示的是该点位的突变是纯合（hom）还是杂合（het）。咦？那这里怎么是个hemi呢？是不是错了。没有错，因为这个基因在X染色体上，孩子是男孩，所以该基因在孩子体内只有一个，其实这个地方突变，也可以叫做纯合突变（hom）。如下面这个图的报告显示。Hemi表示是半合子突变。
哦，忘记了。我原来在行文中，可能不是太严谨。具体在这个表格里的纯合杂合需要这样理解。
以本例中的基因为例，MSN所在的两条染色体，哎，错了，MSN是在X染色体上，不太合适，还是一会下边在说吧，又是一个坑，我是不是算坑王？请叫我坑王，哈哈。
6、正常人频率：0.01980 ：表示该变异在正常人群中的携带频率为0.01980。这个也是有数据库对比的。一般有千人基因组数据库，人类外显子组数据库、以及这两个数据的东亚人子库，有的检测公司还有自己的数据库。
这个频率的参考意义，一般来讲，如果某个变异超过了1/500，就可以认为这个变异是安全的。什么意思呢，就是每500个人中，有一个人携带，这个人是发病的，频率是0.002。所以，有些公司在筛选时可能会把那些携带频率大于0.002的基因给去掉。当然，每个公司的标准不一样，有的可能是大于，可能这个基因携带频率0.01，每100个人携带一个就给报告出来。一方面可能该基因和要检查的疾病有关，另一方面可能有文献曾经发表过发病的报告。本例中的频率为0.01980，大概相当于50个人中就有突变，大概率是没有问题的。你想如果该突变真的有问题的话，相当于普通学校一个班级里就有一个病人，多么可怕的事情啊。我和该孩子妈妈联系过，孩子外公也携带该突变，身体健康。
多说一句，如果男孩子在X染色体上的突变，在其妈妈娘家人找到男性携带该突变并且健康的话，说明该突变大概率上是没有问题的。比如其外公、舅舅、舅舅的外孙、姨家的表兄弟等。
7、预测 -：是指蛋白质分析预测。就是该点位发生了突变后，对其编码蛋白质有什么影响。这个是软件分析的。P为有害，B为良性，-为未知。本例中因为编码蛋白的剪切为变化了，所以没法预测蛋白质的属性，报告未知。
8、致病性分析 uncertain ：一般是根据美国遗传学和基因组协会变异指南进行分类。可分为致病、疑似致病、以及未明。本例中因为蛋白没有分析出来，所以其致病性报告的为未明。
9、遗传方式 XLR：一般分为AR、AD、XR（XLR）、XD（XLD）、YL这几种方式。不解释了。本例中XLR指的是X连锁隐形遗传。而在本文中第3个图片中标的就是XR。
10、疾病/表型：免疫缺陷症50型。说该基因和这个疾病相关。因为不是专业医生，对该病不了解，不解释。
11、变异来源：母亲 说明该基因来自于母亲。因为是X染色体，孩子是男孩，肯定来自于母亲。不对，也有可能自发突变。如上边那张图里的例子。
今天就说的这里吧，祝大家元宵节快乐。今天晚上把下半部分写完，这一系列的吹牛就算结束了。
致病救人找专业的医护人员，我还是负责一本正经的吹牛。
| 
发表于 2019-2-19 13:05
