2.患者于该NGS检测项目中检出突变基因:ALK,TTN,PDGFRA,MYOM2,SETBP1 3.检测出的基因突变位点（见下表1）： | | | | | | 人群数据库分布频率较高（介于1/10000～1/1000） | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
注：● 代表阳性；○ 代表阴性；/ 代表不考虑该因素。 总结: 结合NCCN指南、WHO2016，以及其他权威文献提示:血液病中核心基因为：U2AF1,TP53,TET2,STAG2,SRSF2,SF3B1,RUNX1,NRAS,NPM1,MPL,KRAS,KIT,JAK3,JAK2,JAK1,IKZF1,IDH2,IDH1,GATA2,FLT3,EZH2,ETV6,DNMT3A,CSF3R,CEBPA,CALR,ASXL1,SH2B3,IL7R。 患者未检出疾病相关一类基因突变，暂时无法依据权威指南与研究对预后与治疗提供明确指导。 其他检出突变（见表1.患者基因突变位点列表 二级变异、三级变异）因研究证据性不足或指南未见报道，临床意义有待进一步考证，建议结合其他临床信息综合判断。后附详表中包含上述位点现有研究中的临床意义，供临床参考使用。 本报告仅对本次受检样本负责，检测结果供参考，最终治疗诊疗方案请遵医嘱。
基因检测详细报告
n 一级变异基因检测详表 file:///C:\Users\ADMINI~1\AppData\Local\Temp\ksohtml12516\wps1.png
基因检测详细报告 n 一级变异基因检测详表 file:///C:\Users\ADMINI~1\AppData\Local\Temp\ksohtml12516\wps2.png
基因检测详细报告 n 一级变异基因检测详表 file:///C:\Users\ADMINI~1\AppData\Local\Temp\ksohtml12516\wps3.png
基因检测详细报告
n 二级变异基因检测详表
基因检测详细报告 n 三级变异基因检测详表 | | | | | | ALK:NM_004304:exon5:c.G1229T:p.G410V | | | [size=9.5000pt] ALK基因该突变位点在cosmic中未见登录号，与疾病关系目前尚未明确。 该基因编码一个受体酪氨酸激酶，它对大脑的发育和神经系统中的特定神经元产生影响，该基因的重排、突变和扩增会导致间变性大细胞淋巴瘤、神经母细胞瘤和非小细胞肺癌等一系列肿瘤，而且ALK的突变对目前的酪氨酸激酶抑制剂具有耐药性。 [size=9.5000pt] | | TTN:NM_133379:exon46:c.A13181C:p.E4394A | | | [size=9.5000pt] TTN基因该突变位点在cosmic中未见登录号，与疾病关系目前尚未明确。 该基因编码横纹肌蛋白。该蛋白分为N 端I 带和C 端A 带两个区域。I 带是分子的弹性部分。A带是蛋白质的标尺，包含免疫球蛋白和纤维连接蛋白重复的混合体，并具有激酶活性。该基因的突变与家族性肥厚性心肌病9有关。该基因突变见于约20%的HCL患者，与AML疾病的关系有待进一步研究。 [size=9.5000pt] | | PDGFRA:NM_006206:exon4:c.G496A:p.G166R | | | [size=9.5000pt] PDGFRA基因该突变位点在cosmic中未见登录号，与疾病关系目前尚未明确。 该基因编码细胞表面酪氨酸激酶受体蛋白，主要见于CMML，阳性者可采用TKI治疗。 [size=9.5000pt] | | MYOM2:NM_003970:exon2:c.C61G:p.R21G rs367948315 | | | [size=9.5000pt] MYOM2基因该突变位点在cosmic中未见登录号，与疾病关系目前尚未明确。 该基因突变在DLBCL出现的比例低于5%,主要见于ABC-DLBCL。检测到的突变可能有助于鉴别。 | | SETBP1:NM_015559:exon4:c.G2136C:p.Q712H | | | [size=9.5000pt] SETBP1基因该突变位点在cosmic中未见登录号，与疾病关系目前尚未明确。 突变见于CMML(1-5%)及JMML（7%），MDS中发生率＜5%；与疾病进展为AML相关,其中热点区（SKI区）发生突变与预后不良相关联，其他非热点区发生突变，预后较好。 [size=9.5000pt] |
基因检测详细报告 file:///C:\Users\ADMINI~1\AppData\Local\Temp\ksohtml12516\wps4.png | | | | | | TTN:NM_133378:exon96:c.G24734A:p.R8245Q rs189431308 | | | [size=9.5000pt] TTN基因该突变位点在cosmic中登陆编码为COSM1153631,COSM1012720，暂无致病性预测结果，有待后续研究。 该位点1000g2015aug_all数据库提示：人群分布频率为0.000199681。 该基因编码横纹肌蛋白。该蛋白分为N 端I 带和C 端A 带两个区域。I 带是分子的弹性部分。A带是蛋白质的标尺，包含免疫球蛋白和纤维连接蛋白重复的混合体，并具有激酶活性。该基因的突变与家族性肥厚性心肌病9有关。该基因突变见于约20%的HCL患者，与AML疾病的关系有待进一步研究。 | | TTN:NM_133378:exon275:c.C62753T:p.T20918I rs774575929 | | | [size=9.5000pt] TTN基因该突变位点在cosmic中未见登录号，与疾病关系目前尚未明确。 该位点EXAC数据库提示：东亚人群分布频率为0.0001。 该基因编码横纹肌蛋白。该蛋白分为N 端I 带和C 端A 带两个区域。I 带是分子的弹性部分。A带是蛋白质的标尺，包含免疫球蛋白和纤维连接蛋白重复的混合体，并具有激酶活性。该基因的突变与家族性肥厚性心肌病9有关。该基因突变见于约20%的HCL患者，与AML疾病的关系有待进一步研究。 |
检测到的其他多态性位点见附件excel表格。
附录1：检测项目介绍 file:///C:\Users\ADMINI~1\AppData\Local\Temp\ksohtml12516\wps5.png 检测内容：全外显子组基因测序 检测方法：NGS检测 检测仪器：Illumina测序仪 1. 不同的基因突变可分别具有克隆性判断、诊断分型、预后评估。指导个体化治疗等单或多方面的临床意义。全面的基因突变筛查可提高诊断的准确率和速度，并有助于全面的评估病情、选择治疗方案和检测病情的变化。 2. 同一肿瘤细胞可携带多种基因突变，而且突变的组合不尽相同，它们在肿瘤发生发展的过程中起着协同作用，预后判断是应综合分析。肿瘤细胞的突变还会动态演变，同一患者不同时期（初治、治疗中、复发时）的突变组合也可能出现变化。 3. 本检测包括了肿瘤中常见的部分，有明确临床意义的基因突变，但患者可能携带其他本检测未包括的基因突变。因此本检测提供的信息有其局限性，临床应用时应结合其他检测结果、临床表现综合考虑。 4. 对治疗后已获形态学缓解的患者建议送检治疗前留存的骨髓涂片或病理组织标本但部分标本可能由于保条件不当（如潮湿环境）等原因导致DNA降解严重，而得不到全部的分析结果。 5. 此检测结果只对本次送检样本负责，若对报告结果有疑问，请在报告出具后15天内联系相关业务员进行反馈。 6. 本检测仅检测和报告检测范围内的基因变异及其影响，不能评估检测范围以外的基因变异及所带来的影响。 7. 本检测采用NGS技术，并有着严格的质量控制，对检测范围内基因序列的检测准确率>99.6%，但仍存在错误的可能性。 8. 检测结果仅基于当前的数据库及文献，随着研究的发展，新出现的参考依据不在本次检测的报告范围内。检测结果解读及临床建议仅供风险评估及健康管理参考，具体应用请遵循相关专业临床医生医嘱。
附录1：检测项目介绍 file:///C:\Users\ADMINI~1\AppData\Local\Temp\ksohtml12516\wps6.png n 部分基因目录
附录1：检测项目介绍 file:///C:\Users\ADMINI~1\AppData\Local\Temp\ksohtml12516\wps7.png 1. 一级变异：主要指临床意义明确、诊疗价值较大。来源于权威淋巴瘤相关诊疗指南（NCCN，ESMO指南）或国内外专家共识；国家药品监督管理局（NMPA）、美国食品药品管理局（FDA）等机构批准的用药治疗靶点；权威文献或大规模报道证实与淋巴瘤的诊疗存在明确关联。此类变异需要医师重点关注，对于制定诊疗方案起重要作用。 2. 二级变异：具有潜在临床意义、对诊疗存在一定价值。基于多个中、小规模临床研究验证，与血液肿瘤诊断、治疗或预后意义存在关联，在分子机制上存在重要意义，可供医师制定方案时参考。 3. 三级变异：主要指临床意义未明、学术界尚存争议的变异位点，有部分报道证明该位点不具致病性。此类变异仍有部分参考价值，可供医师进行后期核查和挖掘。 4. 转录本ID：转录本是由一段基因通过转录形成的一种或多种可供编码蛋白质的成熟的mRNA。一段基因通过内含子的不同剪接可构成不同的转录本。转录本ID即转录本编号，参考NCBI数据库。 5. 突变位置:指突变位点在该转录本上所处的外显子区域或蛋白功能域。 6. 核苷酸改变:指CDS(coding sequence)上的碱基改变。 7. 氨基酸改变:指编码蛋白的氨基酸改变。 8. dbSNP指单核苷酸多态性数据库。SNP是single nucleotide polymorphism的缩写。rs是reference SNP的缩写。 9. 突变频率:指检测到此位点突变的reads数占覆盖到此位点的reads总数的百分比。
参考文献 file:///C:\Users\ADMINI~1\AppData\Local\Temp\ksohtml12516\wps8.png 1. Mullighan CGet al. CREBBP mutations in relapsed acute lymphoblastic leukaemia. Nature. 2011;71(7337):235-9. 2. Chen IM, et al. Outcome modeling with CRLF2, IKZF1, JAK, and minimal residual disease in pediatric acute lymphoblastic leukemia: a Children's Oncology Group study. Blood. 2012;19(15):3512-22. 3. Martin Neumann, et al. Mutational spectrum of adult T-ALL. Oncotarget. 2015;(5):2754-66. 4. Vicente C, et al. Targeted sequencing identifies associations between IL7R-JAK mutations and epigenetic modulators in T-cell acute lymphoblastic leukemia. Haematologica. 2015;00(10):1301-10. 5. Paulsson K. et al. Mutations of FLT3, NRAS, KRAS,and PTPN11 are frequent and possibly mutually exclusive in highhyperdiploid childhood acute lymphoblastic. leukemia. Genes Chromosomes Cancer. 2008;7(1):26-33. 6. Roberts KG, et al. Genetic alterations activating kinase and cytokine receptor signaling in high-risk acute lymphoblastic leukemia. Cancer Cell 2012. 22(2):153–66. 7. Mullighan CG, et al. JAK mutations in high-risk childhood acute lymphoblastic leukemia. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;06(23):9414-8. 8. Thompson BJ, et al. The SCFFBW7 ubiquitin ligase complex as a tumor suppressor in T cell leukemia. J Exp Med. 2007;04(8):1825-35. 9. Tzoneva G, et al.Activating mutations in the NT5C2 nucleotidase gene drive chemotherapy resistance in relapsed ALL. Nat Med 2013;19(3):368–71. 10. Paulsson K, et al. Genetic landscape of high hyperdiploid childhood acute lymphoblastic leukemia. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010;107(50):21719-24. 11. Pieter Van. et al. PHF6 mutations in T-cell acute lymphoblastic leukemia. Nat Genet. 2010; 42(4): 338–342. 12. Willman CL. SH2B3: a new leukemia predisposition gene. Blood. 2013;122(14):2293-5. 13. Hof J, et al. Mutations and deletions of the TP53 gene predict nonresponse to treatment and poor outcome in first relapse of childhood acute lymphoblastic leukemia. J Clin Oncol 2011;29(23):3185–93. 14. NCCN Guidelines: Acute Myeloid Leukemia. 2017. 15. Papaemmanuil E, et al.Genomic Classification and Prognosis in Acute Myeloid Leukemia.N Engl J Med. 2016, 374(23):2209-2221. 16. De Kouchkovsky et al.'Acute myeloid leukemia: a comprehensive review and 2016 update'.Blood Cancer J. 2016, 6(7):e441. 参考文献 file:///C:\Users\ADMINI~1\AppData\Local\Temp\ksohtml12516\wps9.png 17. Ilyas AM, et al.Next generation sequencing of acute myeloid leukemia: influencing prognosis.BMC Genomics. 2015, 16 Suppl 1:S5. 18. Döhner H, et al.Diagnosis and management of AML in adults: 2017 ELN recommendations from an international expert panel.Blood. 2017, 129(4):424-447. 19. Grimwade D, et al.Molecular landscape of acute myeloid leukemia in younger adults and its clinical relevance.Blood. 2016, 127(1):29-41. 20. Shah S, et al. Discovery of imatinib-responsive FIP1L1-PDGFRA mutation during refractory acute myeloid leukemia transformation of chronic myelomonocytic. | 
发表于 2021-1-26 11:34
楼主
